ご質問ありがとうございます。

発送済みにしたい商品は特定の商品です。
商品種別の通常商品とダウンロード商品の他に、ポイント商品というものを追加し、その商品のみ上記のような動作をさせたいです。

ポイント商品はEC-CUBEの仕様通り、通常商品及びダウンロード商品と同時に購入はできません。
故に、発送済にしたい商品以外と一緒に購入することはありません。

以上、回答となりますが、よろしかったでしょうか？
それではよろしくお願い致します。