tsuji様
お世話になります。

非常にご丁寧なご案内ありがとうございます。

まずは環境情報を記載致します。

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新規インストール
EC-CUBE 2.12.6
PHPバージョン PHP 5.3.19
DBサーバー MySQL 5.6.13-log
サーバー　へテムル
[ブラウザ] firefox
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カテゴリ登録CSVでCSVの取り込みを行われましたか？
もしくはdtb_categoryを直接書き換えたりされましたか？
＞＞
上記についてですが、カテゴリ登録はCSVで行なっておりません。
dtb_categoryは以前
FROM `dtb_product_categories`
ORDER BY `dtb_product_categories`.`category_id` ASC
上記で存在しないカテゴリが何故か表示されていたのでその際に該当のIDを削除いたしました。