PayPalを使用したことはございませんが、

１）に関しては、
通常クレジット決済に関してはEC-CUBEからクレジット会社に
項目を送る際にEC-CUBE側だけでなくクレジット会社側でも
データのチェックを行っております。

チェックの内容に関してはクレジット会社によってことなるので、
この部分はクレジット会社に確認頂くのがよいかと思います。
（モジュールに関しても教えて頂けるはずです）

2)に関してはサイトのつくりや1)よって異なりますので、
なんとも言えません。

3)に関してはデータベースの『mtb_pref』に格納されているので、
こちらに追加することになります。