max_input_vars は php.ini または .htaccessで指定可能です。
php.iniは環境によって場所が異なりますが、一般的には/etc/php.ini　が多いとは思います。

また90個で登録できなかった、ということですが、max_input_varsは
inputタグで指定されるもの、つまりhiddenなども含まれるので、
結果として見えているものが90個でも、hiddenなどで100を超えているのでは、
と思います。