gouchanさん、こんにちわ。

送料の金額だけを変える簡易的なやり方だと、以下のようなカスタマイズになると思います。


▼管理画面
・商品情報に「温度帯」を追加（商品登録画面、商品登録CSV等）
・クール便送料の設定欄を追加（配送方法設定画面。簡易的にするならパラメーター設定画面）
　→クール便は「常温便+200円」等の設定にする、もしくは全国一律料金とする想定

▼フロント側
・商品情報取得処理で「温度帯」も取得するように変更（SC_Product.phpのalldtlSQL()、SC_CartSession.phpのgetCartList()等）
・カート内に冷凍商品があればクール便の送料、なければ常温発送の送料になるよう、料金計算処理を変更（SC_CartSession.phpのcalculate()等）


クール便送料を都道府県ごとに細かく指定する必要がある場合は、都道府県別の送料入力欄を追加するか、
クール便用に配送業者を追加して、お支払方法指定画面で配送業者が自動選択されるようにカスタマイズする必要があります。
※配送業者追加は便宜的なもので、実際に複数の業者と契約する必要はありません。
　例えば以下のように、１つの業者を温度帯で分けて登録しておくイメージです。
　常温便　：○○運輸
　クール便：○○運輸クール便

配送業者を追加するやり方だと、確認画面にも「○○運輸クール便」等と表示されるのでよりよいやり方のように思えます。
しかし、複数配送機能をご利用される場合で、お届け先Aには常温発送、お届け先Bにはクール便発送、
というように一度の注文で発送方法が混在するとこのやり方では対応出来なくなります。

以上、ご参考までに。