umebius 様
早速のご回答ありがとうございます。

>$OriginOrderが変更前のデータですが、それを踏まえても挙動がおかしいでしょうか？
→はい、
$OriginOrder = clone $TargetOrder;
のあとにdumpにてOriginとTargetの両方をみております。

>なお、$TargetOrder = $app['eccube.repository.order']->find($id);で取得したインスタンスをフォームPOST後のindex内などどこかの場所でdump()しても、更新後のデータになるのはおかしい挙動ではないと思います。
→保存ボタン押下後のPOST後となりますが、まだ更新前のデータとして
$TargetOrder = $app['eccube.repository.order']->find($id);
から取得しているはずですので、この時点でデータが更新されているというのが理解できていないのです。