すいません返信遅れました。おそらく最初の問題となったDBエラーはこちらです。

2月23日に起きたもので、このエラー以降商品に対する書き込み全般に問題が出ています。

[execute end 58ae3f902aa53#28]
SQL: PREPARE mdb2_statement_mysql_28aa23bc6b2cb8d33209890acddca98e8e3aaab474 FROM 'UPDATE dtb_category_count SET create_date= CURRENT_TIMESTAMP, product_count= ? WHERE category_id = ?'
PlaceHolder: array (
0 => '80',
1 => 18,
)
execution time: 50.73 sec
from xxxxxx
login_id = xxxxxxxxxxx(0)[a6rfviqb5r60j04cmdv2j8joc7]
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/woodyadmin/products/product.php(29): LC_Page_Admin_Products_Product_Ex->process
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class_extends/page_extends/admin/products/LC_Page_Admin_Products_Product_Ex.php(54): LC_Page_Admin_Products_Product->process
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_Product.php(70): LC_Page_Admin_Products_Product->action
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_Product.php(169): SC_Helper_DB->sfCountCategory
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class/helper/SC_Helper_DB.php(802): SC_Query->update
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class/SC_Query.php(627): SC_Query->query
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class/SC_Query.php(865): SC_Query->execute
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class/SC_Query.php(1041): SC_Query->lfEndDbTraceLog
/home/xxxxxxxx/www/ec_cube/data/class/SC_Query.php(1188): GC_Utils->gfPrintLog


操作しているユーザーの話による、商品のカテゴリ情報をいじっている最中にタイムアウトになり、それ以降商品登録ができない状態になっています。

また、これ以降のDBエラーは出ておらず、エラーログのみです。

その後のエラーログは以下のような感じで、毎回違うところでエラーになっていて、とにかくタイム・アウトしたタイミングでエラーになるようです。Phpのタイムアウト時間を120まで上げても結局タイムアウトしてしまいます。
さくらレンタルサーバの動きを見ていると、まるで無限ループに陥ったように延々とCPUリソースを専有し、プロセスを終了するまでそのままです。