がるです。
なんか久しぶりに書き込み応酬しておりますｗ

まず、SQLの特定ですが。
「EC-CUBE使ってた現場から離れてしまった ＆ その現場でも使わなくなってしまった」ので、ちとわざわざ環境作り直してまで、という元気はないので資料がない、という状況なので、「これ」とは申し上げられないのですが。
ただ、印象値としては「一つ二つではなくて色々と困ったクエリが多発していた」ように記憶しています。

コネクション関連なのですが。
どうやら「あるconnectionから発行されたSQLが完了するまでは解放しない」ような挙動をしているように感じられました(まぁ結果かえさにゃいかんのでそうだろうとは思うのですが)。
やはり「重いクエリがいかん」とか、どうしても思ってしまうんですがどんなもんなんですかねぇ。

で。
> 複雑なクエリほど I/O を使うので
> 負荷を掛けるならDBだと。
についてはまぁ色々な見地があろうかと思うのですが。
個人的には「DBには負荷をかけちゃいけない 負荷かけるのはWebサーバ側」というスタンスを取る事が多いです。
端的に書くと。Webサーバをクラスタリング化しても、プログラムさえちゃんと考慮されていれば、３台にしたら１台の３倍程度のお値段で片付くのですが。
DBサーバをクラスタリング化し始めると、桁が２つ３つずれこんでくるので orz
# OracleとDB2でクラスタリングしたくて見積もり依頼出したときの、あまりの指数っぷりに本気でどん引きした記憶があります。
# １台横にのばすと、本気で０が一つ追加くらいの勢いでした orz

多分この辺って
> しかし、その辺って、商用DBとオープンソースのDBで、差がつくんですよね…
が非常に大きな部分だとは思うのですが…ただ、裏側の機構(データの整合性の取り方)を考えると、どうしてもそこのコストの高さが気になってしまって(苦笑
あと。OSSのDBMSでも「ミドルウェアとして有料のソフトを使う」なんて事も少なからず出てくる事を考えると…「Webサーバに負荷かけて横にのばしたほうが安いよねぇ」と考えてしまいます(笑

まぁぶっちゃけあっしは現在使ってないのでいいっちゃぁいいのですが。
願わくば、もう少しスケーラビリティのある設計とかプログラミングとかなされてればなぁ、とか思ってみなくもありません。