前任者の残したマニュアル通りに複数人の出荷後に運送便問い合わせ番号などを入れるために出荷ＣＳＶ登録で書いてあった通りに作業をしたが、なぜか出荷されていない人は出荷済になり、また問い合わせ番号も当人ではなく全然違う人に入力されてしまった。出荷ＩＤと問い合わせ番号と出荷日と書いてある通りに行ったのだがこんなことが起きてしまった。現在、手作業で入力をし直している状況です。
また、ステータスが発送済から変更もできず、実際に発送した人としてない人との区別も難しい。いいお知恵があればお借りしたいのですが・・・

EC-CUBEのバージョン、利用しているプラグインのバージョン、行った操作、起こった事象など可能な限り詳細に記載をお願いします。

こちらもご参照ください。
https://xoops.ec-cube.net/modules/tinyd0/index.php?id=8

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EC-CUBE 《プラチナ》ランクパートナー
トエビス株式会社　田中 宏典
EC-CUBEの機能やデザインのカスタマイズ承ります。

思い当たるのは、出荷CSV登録の「出荷ID」は「注文番号」とはまた別のIDなので間違えやすいということです。

「注文番号」で実行すると、違う注文が更新されてしまいます。

もしこれが原因であれば、データベースでdtb_shippingテーブルのidカラムを更新してしまった受注番号のリストで絞り込めば、更新してしまった注文のあたりはつけられると思います。

ただ元のデータがなにかまではわからないので、復元はデータベースのバックアップサービスなどがあればそれを利用するか、過去の送信メールから手動で復元するしかないですね。

下記の方ので解決できそうです。ありがとうございました。

ありがとうございます。間違いなくこれですね。配送ＩＤではなく注文番号でＣＳＶ登録したみたいです。
解決しました。ありがとうございます。
今後は気を付けてやるように指示します。

解決されたようでよかったです。
配送ＩＤというものが画面上にほぼ表示されないので、間違えますよね。

CSVインポートで配送情報がずれてしまう場合は、まずCSVの列順、文字コード（UTF-8 / Shift_JIS）、およびEC-CUBEのバージョンが一致しているか確認するとよいと思います。

また、本番データを一括で取り込む前に、1～2件だけでテストインポートを行うと原因を特定しやすくなります。

同様の事例や**https://playwithyuzu.com/インポートのトラブルシューティング**を参考にすると、設定ミスやフォーマットの違いが見つかることもあります。

同じバージョンで同様の現象が発生した方がいれば、どのように解決したか教えていただけると助かります。