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[EC-CUBE]　2.4.1
[レンタルサーバ]　シックスコア
[OS] Linux
[PHP] PHP5.1.6（セキュリティパッチ適応済み）
[データベース] MySQL 5.0.x
[WEBサーバ] apache2.2.3
[ブラウザ] Firefox3.5.5
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いつもお世話になっております。
今回のトラブルは、注文確認メールや問い合わせメールの件名に空白が挿入される件です。
当方では、メールをサーバーからGmailに「サーバーに残す」ようにして一旦飛ばし、メーラーではGmailのメールを、使用している顧客管理システムではサーバーからそのままメールを取り込んでいます。
そのためメールを確認しようと考えましたら、サーバーのWEBメール・Gmail・メーラー・顧客管理システムで確認可能な状況です。

このうち、WEBメール・Gmail・メーラーでは異常なく受信できるのですが、顧客管理システムでメールを受信すると
「【ショップ名】ご注文確認メール（自動配信）」
の“確”と“認”の間に半角スペースが2つ入るうえに、タイトルの後に
bases: 20100220 #3592757, check:20100220 clean
と入ります。
MIMEでメール件名が長いと改行されるというような仕様があると知り、そのようなトラブルがあると調べそれに該当するようでしたので、【ショップ名】を削除し、
「ご注文確認メール（自動配信）」
としましたが、bases:以降がつきます。
これによりメールを顧客管理システムに取り込む事ができず、フィルタリングできません。
どなたか、お分かりになる方おられませんでしょうか？
よろしくお願い致します。