沖縄・北海道以外を5,250円以上送料無料にしたいのですが設定方法がわかりません。また鹿児島の離島も別料金の設定にしたいと思っておりますが可能でしょうか？

デフォルトだと送料無料は全国に反映されてしまいますよね。
PHPの修正による処理の追加が必要になると思います。

鹿児島の離島もデフォルトでは「鹿児島県」としかくくりがないので、
こちらもPHPレベルでの修正が必要になると思います。

都道府県・重量別送料

上記のサイトを参考にすれば、簡単にできます。

「商品送料」に商品価格と同じ数値を入力。

鹿児島の離島など、別送料にしたければ、「mtb_pref」に「鹿児島-離島」などを追加して、お客さんに発送先選択で選べるようにすれば良いですね。

あとは、送料の設定は上記のサイトを参考にして設定すれば思い通り
送料設定ができると思います。