お届け先を追加して確認してみました。

管理画面の受注管理＞受注登録 編集画面にて、
受注情報を登録ボタンをクリックして、受注情報を更新した時点で、
お届け先(1)の数量が、受注商品情報の1件目の数量に反映した状態で更新されるみたいですね。

注文ステータスを変えなくても、
お届け先(1)の商品の数量を変更して更新すると現象が再現しました。

現象を確認したバージョンは、3.0.12です。