EC-cube3.0.9をAWSのEC2上で構築しようとしています。
環境は下記の通りです。
OS:AmazonLinux
DB: MySQL(RDS)

公式GitHubページのインストール方法(http://ec-cube.github.io/install.html)通りに進めていますが、シェルスクリプトで行った場合、Webインストーラーから行った場合のどちらの場合においても上手く行きません。
具体的には、(Webインストーラーの場合を例に上げると)ブラウザでインストーラー画面が起動して、DBの初期化等を経て構築が完了しましたという画面まで問題なく進みます。

ただ、ECのカスタマー用トップページのみ開けるものの、そこからのリンクは全てnot found になってしまいます。
(The requested URL /{hogehoge}/ was not found on this server.との表示)
また、adminも同様にnot foundです。

フォルダ構成は、wgetでeccube-3.0.9を取ってきて、root_directoryにeccubeのhtmlフォルダを配置、その1階層上にその他のファイルを配置しています。

原因は何が考えられますでしょうか。