ご返信いただきありがとうございます。

＞データベース、もしくはcomposerを使いまわしているとそのようなことになります

使いまわす、ということが良く分からないのですが、テスト環境は本番環境をコピーして別のサーバーで作り直しているのですが、これが使いまわしということになるのですか？
テスト環境を再現するのにコピー以外の方法が思いつかないのですが、これが問題であるとしたらこの「使いまわし」を避けるにはどうしたら良いのでしょうか。
また、現在のこのファイルもないしインストールもされていないプラグインがインストールされている、という不具合を解消する方法はありますか？

＞認証キーは任意に入力可能なので本番環境と同じもののほうがいいと思います

認証キーによってプラグインの状態を管理しているものかと思っていたので別にしていたのですが、そうではないということなのですね。

教えていただいた通り本番環境と同じものを入力してみましたが、本番環境とインストールされているプラグインの状態も数も違うという結果になっています。
これが使いまわしの影響なのでしょうか。

本体をプラグインでアップデートしたかったのですが、テスト環境でそれが用意できそうもないので（インストール済みになっているのにファイルが無いので）諦めて手動でアップデートすることも考えているのですが、このような状態でテストを行ったところでちゃんとした結果？が出るのかどうかも心配になりました。

よろしければまたご教授いただければ幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。