> クエリーログにDELETEされていそうな箇所はなかったということでしょうか？
> 投入失敗や外部キー関連のエラーログが出ていないでしょうか？

投入失敗等のログは出ていないように見えます。
処理直後、画面を見ずにMySQLのデータを確認した時も既にデータが抜け落ちている状態でした。

試しに抜け落ちたID（id:60455）のデータをクエリーログから抽出し、同じクエリーを手動で投げてみたところ、id:60455のデータは入りましたが、代わりにid:78231が消えるという結果になりました。
そこでid:78231を入れると今度はid:60455が消え、1件入れば1件削除されます。
2つのデータに共通性は見られません。

気になるのはクエリ実行後の出力が

MariaDB [dev_cube]> REPLACE INTO dtb_customer (id, customer_status_id, sex_id, job_id, country_id, pref_id, name01, name02, kana01, kana02, company_name, postal_code, addr01, addr02, email, phone_number, birth, password, salt, secret_key, first_buy_date, last_buy_date, buy_times, buy_total, note, reset_key, reset_expire, point, create_date, update_date, discriminator_type, customer_rank_id, plg_mailmagazine_flg, check_date)
-> VALUES ('60455', '2', '1', '9', NULL, '12', '氏', '名', 'シ', 'メイ', '*****', '*****', '*****', '***-**', '**********', '090********', '生年月日', '****', '****', '****', 'yyyy-mm-dd hh:mm:ss', 'yyyy-mm-dd hh:mm:ss', '1', '****', NULL, NULL, NULL, '0', 'yyyy-mm-dd hh:mm:ss', 'yyyy-mm-dd hh:mm:ss', 'customer', NULL, '0', NULL);
Query OK, 2 rows affected (0.005 sec)

となっており、1つのクエリで2つのデータがaffectedされています。
MySQLの設定で見直すところなどありますでしょうか？

何度もお手数ですが、よろしくお願いいたします。