> しかし、3Dセキュア認証支援サービスを利用すると、
> 上記のようなカード情報の登録や編集ができない仕様になるため、
> 表示項目を強制的に非表示にすることができないでしょうか？

出来るか出来ないかで言えば、出来る可能性はあるが「上記のようなカード情報の登録や編集ができない仕様」とありますので、プラグインの仕様上で出来ない可能性もあります。
また、カスタマイズにより提供プラグインのサポートやアップデートが提供元から出来なくなる可能性もあるかと思います。
まずは、「EC-CUBEペイメントPlus決済」プラグインの提供元に確認してみてください。

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
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URL: https://miworks.biz/
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