すみません、この行はどういう必要性があるのでしょうか？
$Order = $app['eccube.repository.order']->find($Order->getId());

$query->getResult()の結果の$Orderはデータが不完全ということですか？あるいは\Eccube\Entity\Orderオブジェクトではない？
$qbにどういうクエリが設定されているのか拝見したいですね。

なお、この行を消すか、あるいは下記のどちらか一方に書き換えてもエラー出ますでしょうか。
$em->merge($Order);
or
$em->refresh($Order);


ちなみに、Order.dcm.ymlでcascade: ["persist"の設定ありますよね？

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