商品登録をする際に商品IDは自動で振り分けされると思います。

こちらを指定したものにするのに、CSVでエクスポートしたデータの商品IDを

変更してインポートすると商品IDはかわるのでしょうか？

試してみると早いんじゃないかと思いますが･･･
変更してインポートするとIDは変わりますが、自動で振り分けられたものになるんじゃないかと思います

カテゴリID等でページのヘッダー画像を指定しているのでCSVの作業をおこなって登録した商品が消えたりするとこわいので先にお問い合わせさせて頂きました。

一度やってみます。

商品IDは、データベースのdtb_productsテーブル上の
product_idによってユニークに管理されていますので、
CSVインポートをおこなっても変更はされません。

同様にカテゴリIDも、dtb_categoryテーブル上の
category_idによって管理されています。
商品IDと違ってユニークではありませんが、
何もカスタマイズをおこなっていなければ、CSVインポート時に
カテゴリIDが変更される事はありません。