googleウェブマスターツールについて、metaタグではなく、単体ファイルにしておいたほうが容易だと記載がありました。どのフォルダーに入れればいいのでしょうか？

こちらの記事の事を質問されているのであれば、googleウェブマスターツールに登録したドメインのルートフォルダです。

http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=4926&forum=2&post_id=23139

EC-CUBEとはあまり関係ないので、ここに書くのは少し違うような気もしますが一応参考までに。

googleウェブマスターツールのドメイン登録画面で以下の文面が表示されますので、このとおりにファイルをアップするといいかと思います。

手順:
1. この HTML 確認ファイル （google○△□×○△□×.html）をダウンロードします。
2. 確認ファイルを http://ドメイン/ にアップロードします。
3. ブラウザで http://ドメイン/google○△□×○△□×.html にアクセスして、アップロードが正しく行われたことを確認します。
4. 以下の [確認] をクリックします。
確認状態を維持するには、確認が完了しても HTML ファイルを削除しないでください。