GPLか・・。
難しい分野ですね。

>個人的には、EC-CUBE のデフォルトテンプレートの中にも、著作権表記があるのが気持ち悪いなぁ… と思ってます。

私もこの部分は、気になってます。
あくまで、自分のプライベートな時間を使った趣味の域（個人レベル）で配布を考えてたんで、オーナーズストアで契約できるんかなというのもありますが・・。
例えば、契約までの流れの中で、デザイン実績やお取引先審査なんてものがあるので、そういう大きな制作会社じゃないとオーナーズストアでの契約は無理じゃないかと。

それで、例えば、下記のような利用はどうなるでしょうか？

1．テンプレートは、自分のサイト（配布元）で自由にダウンロードできる。
つまりお試しできるので、設置ショップで動作するか確認できる。
2．ただし、フッター部分なんかに、自分の（配布元）の表記を記載。
例えば、表記として、作成元：○○○○○.com
3．表記をそのまま表示してくださるショップは無料で利用できて、表記を消したい場合のみ、削除料金として、数千をお支払いいただく・・。

という感じです。

上記だと、無視して消す人もいるでしょうが、それは信頼するしかないでしょうね。
でも、そういうサイトは、見れば自分のだと分かるでしょうし、そのときに対応すればいいかなと思っています。

こういうのって、よく他のCMS系のテンプレート配布先でも見かけるのですが、EC-CUBE側はどうなんでしょう？