・データ移行プラグインをカスタマイズして同時に行う
・別の移行スクリプトを作って実行する
・SQLを直接実行する
　などの方法がございますね。

３系と４系ではテーブルの作り方が変わっている場合がありますが、
会員項目追加プラグインはそれほど違わなかったと思いますので、テーブルを見比べればSQLを作ったりと思いますよ。

エックスサーバーにはphpMyAdminというGUIでデータベースを操作できるツールが備わっていますので活用いただくと良いと思います。

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