データ移行プラグインでは会員IDは変わらず移行できたと思います。
なので、プラグイン開発元が言われている通り、会員項目追加のデータベース構造を確認しながら移行することになると思います。
DB操作経験がないのでしたら、データ移行プラグインをカスタマイズすることでも実現できるかと思います。
PHPの知見もないようでしたら、インテグレートパートナーに相談することをおすすめします。
https://www.ec-cube.net/integrate/partner/

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EC-CUBE 《プラチナ》ランクパートナー
トエビス株式会社　田中 宏典
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