そういえば重要なことを書いてませんでした（汗）。

DBをUTF-8にした直後から
・チェンジセット 17559 MySQLの文字化け対策。(my.cnf の変更を不要に。)
をやらなければ、その後のデータがまた壊れます。

そもそもDBが文字化けしたのは
1.MySQLの初期設定（接続キャラクタセット）がlatin1※
2.EC-CUBEから接続キャラクタセットを指示していない
なので、
・MySQL側で接続キャラクタセットを latin1 utf8にする
・EC-CUBEから接続キャラクタセットを指示する
のいずれかを、本来であれば前もって（インストール前）やっておく必要があります。

SET NAMESのSQLインジェクションの危険性については、
OpenPNEの情報ですけど、
trac.openpne.jp/ticket/1510

UTF-8なら大丈夫なんじゃないか？　ってことみたいです。
blog.ohgaki.net/set_namesa_mcb_asc

※実際はrpmパッケージがlatin1なので、ソースからのインストールでコンパイルするときにutf8にしている場合は問題ない