php.iniは任意のディレクトリに置けるということですね。
すいません、無知さを露呈してしまったようです。

>内部文字コード
これをキーワードに調べてみます。

phpinfo()ありそうだと思う箇所は以下の通りです。
■mbstring
Multibyte Support: enabled
Multibyte string engine: libmbfl
HTTP input encoding translation: enabled
Multibyte (japanese) regex support: enabled
Multibyte regex (oniguruma) version: 4.4.4
Multibyte regex (oniguruma) backtrack check: On

Directive:　Local Value/Master Value
-------------------------------------------------
mbstring.detect_order: no value/no value
mbstring.encoding_translation: On/On
mbstring.func_overload: 0/0
mbstring.http_input: pass/pass
mbstring.http_output: pass/pass
mbstring.internal_encoding: EUC-JP/EUC-JP
mbstring.language: neutral/neutral
mbstring.strict_detection: Off/Off
mbstring.substitute_character: no value/no value

他に何か判断の材料になりそうな箇所がございましたご指摘いただ
ければと存じます

>内部文字コードの不一致
ということでしたらmbstring.internal_encodingでしょうか?
以前の書込みをもう一度あたってみます。