その後PHPの設定ができる機能があることがわかりました。
PHP5、PHP5 (Single php.ini)、PHP5 (FastCGI)の３オプションがありました。デフォルトはPHP5でした。

PHPはあまり詳しくないのですが、これを見る限りではPHP5 (Single php.ini)を選択し、~/public_html/php.iniに.htaccessのphp valueの内容をそのままコピーすれば大丈夫なような気がします。（いかがでしょうか？）

PHP5
All files with the extension .php will be handled by the PHP5 engine.
Current, most reliable and best performing version of PHP

PHP5 (Single php.ini)
Same as PHP5, but all subdirectories will use ~/public_html/php.ini

PHP5 (FastCGI)
All files with the extension .php will be handled by PHP5 FastCGI processes.
FastCGI for PHP makes all your PHP applications run through mod_fastcgi instead of mod_suphp. This eliminates the overhead of loading the PHP interpretor on every hit. Since it is always in memory ready for the next hit, the responses will be generated faster.


php.iniのインストール機能もありました。
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Install Default php.ini

This will copy the master php.ini to your public_html directory named "php.ini.default". You can then edit the file with any custom directives your scripts require.
IonCube
SourceGuardian

EC-cubeの話題とはずれていると思いますが、bluehost系の利用者は多いと思いますので掲載しました。