同様の環境に移すのならば、
基本的にっしゃる通りの手順で大丈夫かと思います。

（以下、UNIX OSの場合で簡単に説明します）
現サーバーと新しいサーバーが別筐体ならば、
現サーバーと同じunixユーザー名で新サーバーにユーザーを作成します。（uid、gidは特に関係ないかと思いますが、一緒にできるならした方がいいかもしれません。）

現サーバーのEC-CUBEソースをtar.gzで固めます。
パーミッションと所有者を保ったまま移動できるので便利です。

データベース名やデータベースユーザ名も
現サーバーと新サーバーともに同じ設定にしておくと
修正の手間が減らせるかと思います。
PostgreSQLならばpg_dumpなんかで一発でバックアップできます。


DB内のドメイン関連の記述があるのは、dtb_pagelayout辺りだったと思います。


※追記
すみません、内容が重複してしまいました
urlもupdate_urlも、管理画面から再登録（何も変更しなくてよい）をすれば、勝手に書き変わったはずです。ページが多数ある場合は、DBから直接書き換えた方がいいかもしれませんが＾＾；

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