再び自己レスですが、解決しました。
MySQLからeccube_dbを一旦削除して、再び作成してトライすると、何故かエラーが出ずにインストールできました。
eccube_db内のテーブルはいつもクリアしてからトライしていたのですが、何か余計なものが残っていたのでしょうか？
いずれにしろ原因は良くわかりませんでしたが、ようやくインストールできました。
お騒がせしました。