ご投稿ありがとうございます。
株式会社ロックオン技術開発部の岸田です。

ヘッダー・フッターのテンプレート削除方法ですが、
EC-CUBE管理画面→コンテンツ管理→ファイル管理
→includeフォルダー内の[footer.tpl]と[header.tpl]を選択して頂き、削除ボタンより削除をして頂く事が出来ます。

削除されますと、デザイン管理からのヘッダー・フッターの変更・修正等が出来なくなりますのでご注意下さい。