coreserverでSSH接続するとpublic_htmlより1つ上の階層に先ずアクセスするので、そこで展開したらseasoft様の言うように「mv」コマンドでフォルダを移動させなければなりません。
ここでdataフォルダﾞはpublic_htmlの上の階層に配置し、htmlフォルダをあなたのドメインフォルダへ移動します。

mv eccube-comu-r18327/data/ /virtual/user/ （userの部分はあなたのアカウント名になります。）

mv eccube-comu-r18327/html/　public_html/www.hoge.com/

別スレで話題になっていますが、公開側フォルダにdataフォルダを置くことは好ましくないようですので、上記の配置にすることをお勧めします。

ちなみに mv コマンドでやる方法とは別に、NEXT FTP というクライアントソフトを使えばこれと同様の作業がFTPで行えます。

次にhtmlフォルダのdefine.phpを開いて以下を書き加えUPします。

/** HTMLディレクトリからのDATAディレクトリの相対パス */
define("HTML2DATA_DIR", "../../../data/");

PATHが正確に通っていれば、インストール画面が表示されます。