失礼しました、私が勘違いしていたようです。
確かにPaypalの決済サイトに移動をした時点で注文が確定して、メールが飛びますね。
その注意も記載されていると思います。

ですが、この時点では内容的には未入金状態で、決済が正常に終了すれば入金済みに、キャンセルしたらキャンセル扱いにステータス遷移すると思います。
（感覚的には銀行振込のような挙動ですね）

ここからは推測ですが、Paypalのリンク型での仕組み上、決済完了後にユーザーが戻ってくるタイミングと、別途Paypalからシステム上で来る決済完了の情報、どちらが先に来るか決まっていない事が問題で、事前に注文を確定させるような仕様にしている気がします。

どうしてもメールを止めたい場合は、決済モジュールへ数行カスタマイズを行えば止められると思います。

この場合は、別途手動でメールを送るようにするか、決済情報を受け取るところに送信処理を入れるカスタマイズを行うか、いずれかが必要かと思います。
後者は少し難易度が高いカスタマイズが必要かと思います。

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