sshが使えない様ですね。
↓忘れてください。m(..)m

開発機：
　・eccube
　　複製を作成する。
　　開発環境特有のファイルを削除する。
　　tarで固める。
　・db
　　バックアップする。
　ftpで本番機へ転送する。
本番機：
　sshで接続。
　・eccube　
　　tarで解く。
　・db
　　リストアする。
としてます。

'10.08.27:補足
・mtb_...設定に変更があれば、ファイル削除対象としてdata/cache/*を追加。
・db:本機の利用者情報の反映が必要、故、開発機の「バックアップする。」前に、次の手順が必要。
・本機のdbをバックアップする。
・開発機のdbを削除、作成する。
・本機のdbをリストアする。
・フィールドの追加があればalterで追加する。
・レコードの追加、変更があれば、insert、updateする。