そこまで、理解されているのでしたら、

●Client：
　○Subversionサーバー
　　http://kuronuko.com/web/subversion.htmlに
　　「クライアントと同居ならサーバーを立てなくても良いかも」との記述も有り
　　『リポジトリ』
　　　↑
　○Subversionクライアント
　　　↓
　　『開発フォルダ』←WinMerge→『開発ECCUBEサーバ』
　　　↓
　○FFFTP
　　　↓
●本番ECCUBEサーバ：

という感じでしょうか。。。

FFFTPが一方向なのは、UP対象フォルダ，ファイルはUP前に「削除」を意味しています。

p.s.
上記の場合「WinMergeが何処で利用価値が出るか？」を試行錯誤中です。。。
'10.09.09
追記しました、、、こんな感じですかね。。。
でも、これだと、リビジョン下げた時にWinMergeで『開発ECCUBEサーバ』が戻りませんねぇ、、、はて？
リビジョン下げた時は『開発ECCUBEサーバ』は一旦、バッサリ削除、、、かな。。。