私のサイトも同様のエラーが起こっています。

実際に、自分のカードで商品を購入したところ、下記のメールが
返ってきました。

環境は、下記です。
EC-CUBEバージョン 2.4.4
PHPバージョン PHP 5.2.14
DBバージョン PostgreSQL 7.4.29

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以下のカード決済の承認処理に成功しました。

取消対象取引番号：000000000000????????
金額：????0
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その後、F-REGIにアクセスし、注文を取り消したところ、
───────────────────────
以下のカード決済の承認取消処理に成功しました。

取消対象取引番号：000000000000????????
金額：????0
───────────────────────
と正常に動いているかのように見えて、
その後に、下記のエラーメールが返ってきました。

その約1時間後にまた下記のメールが来ました。
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以下の取引の承認結果通知処理に失敗しました。
御社システムの状況をご確認ください。

取引番号：000000000000????????
伝票番号：??

呼び出しURL：https://www.独自ドメイン/shop/user_data/fregi_auth.php
呼び出し回数：3
エラー理由：応答がありません。
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これは、何かのメール配信のシステムのエラーなんでしょうか？
その場合、どのファイルを修正すればいいのでしょうか？