引用：
OSはCentOSですよね？

所有者と『グループ』を、他のApachのコンテンツと同じにすれば、問題無いです。
グループの書込み権限が要るのに付いてない時に、嫌がれます。

/var/www/内にeccubeを置いて、所有者をユーザにしたい場合は、eccubeまでのデレクトリのotherに書込み権限を付ける必要が有ったような、、、なので、セキュリティ上、あまりお勧めできません。

ちなみに「解凍をSSH」って、何のことだか分からないのですが、多分、「SSHで接続して、tar,uzipとかで、、、を、おもっきし、省略している」っていうことですよね。