返信ありがとうございます。
こちら先ほど全て解決しました（パーミッションつぶしによって）。
ただパーミッション変更対象が莫大ともいえる数に上るので、一度すべて消してFFFTPの設定で、主要ファイル関連のパーミッションをアップロードと同時に666or 777に変更という設定をやって、再度アップロードし、フォルダ関連の許可変更をし、まだ出るパーミッションエラーは個別にパーミッション修正をかけるという方法をとりました。
正直、ここまで手間のかかるインストールとは考えておらず、EC-Cubeの現時点でのインストールは”普通の人”には完全に無理なのではと思い始めた次第です。

まぁ私は個人でこの道にこれから入りますが、まだまだたくさんの困難がEC-Cube運営にはありそうですね。気合を入れてまいりたいと思います。