データは全消去するという事ですか?
それならば、基本的に可能だと思います。

データを残す場合ですと、DB 側もバージョンアップの差分適用を行った方が良いかと思います。

後者の場合、私のメモ書きですが、下記が参考になると良いのですが・・・
http://seasoft.jp1.cx/ec/%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%87%E3%83%BC%E3%83%88/%E6%AD%A3%E5%BC%8F%E7%89%882.11/index.html

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Seasoft
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