/entry/index.php の扱いは、過去に議論があったかもしれません。

mikado124 様の意図している動作とするには、テンプレートでのリンクを修正する必要があるかも。

基本、変更したい箇所の SITE_URL や URL_DIR を SSL_URL に書き換えるといった感じかと思います。

場合によっては、リダイレクトが関わると PHP ロジック側の改訂が必要なケースもあるかも。

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Seasoft
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