Call-time pass-by-reference has been deprecated

でぐぐってみてください。
どんなエラーなのかは出てくると思います。

ただ、最終的には↓のような内容を理解した上で、変更をかける必要があるものと思います。

Hatena::Question
http://q.hatena.ne.jp/1176373535


内容的には
「初心者なもので対処方法がわかりません」
的な台詞が通用しないものかと思いますが、今後、ご自分でEC-CUBEを管理していくのでしたら、答えだけを聞いても意味がないものと思いますので、学んでください（汗）。


追記：
エラーじゃなくてワーニングでしたね。
ぶっちゃけワーニングですから、許容できる内容なら放置という手も（汗）。