まず、危険なのでサイトの公開を止める事をオススメします。

そういった物は通常、サイトのコードにベタ書きされていません。
極々短いjavascript等で動的にロードされて出力される事が多いです。

各ファイルの最終更新日時を確認して、新しい物から片っ端から確認する。
もしくは同じバージョンの標準のEC-CUBEとソースコードのdiffを取って確認する。
商品情報やサイト情報などのDBに格納されているデータの中身を確認などしてみてください。

カスタマイズの有無にもよりますが、標準のEC-CUBEに無いコードがあればそれが怪しいと思います。

あと、既に侵入されていると思うので、DBやFTP、管理画面のアクセス情報の変更は必須です。
できればサーバごと引っ越すか作り直した方がいいです。

----------------
EC-CUBEカスタマイズ相談してください。
緊急のEC-CUBEの障害対応
EC-CUBEカスタマイズブログ