私も同じ現象に陥りましたが解決できました。

eccubeのアーカイブを解凍した時点では、
「html/mobile」ディレクトリ内に.htaccessが含まれていると思います。
この中で以下のようなモバイル環境用の設定がされています。



私の場合はCPIのレンタルサーバーにアップロードする際に、この辺りの設定ずれてしまい、上記と揃えるように修正することで解決できました。

mobile以下にphpinfoを実行するスクリプトを置いて、上記の設定とずれていないかを確認してみるとよいかと思います。