順番にお答えさせて頂きます。

引用：
E_DEPRECATED がまさに発生していますね。
先述の error_reporting() を修正する方法で解決いたします。

引用：
はいそうです。
上書きするのか置換するのかについては事情に合わせて選択します。

引用：
いいえサービスは可能な限り止めないように行います。
例えば新旧二つのEC-CUBEがインストールされた状態にしておき、新版が稼働できる状態になったら停止時間を取って新旧入れ替える、というのが方法の一つです。
停止時間の内訳は「旧版から新版のデータ変換(変換プログラムは事前に用意しておきます)＋最終確認」ぐらいですね。

引用：
抽象的なご説明になり申し訳ないのですが状況に合わせて一つ一つ異なる対応が必要です。
「2.4.3 のここを 2.13.1 のここに移植したい」と言ったように具体的に分からない点をご質問して頂ければみなさんのご協力も得やすいです。

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Seiji Nitta
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