こんにちは　

私も　さくらサーバにて同じように文字化けで悩んでいた所、
さくら側でアップデートしていたようで、下記のように回答が来ました。
参考になれば幸いです。

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弊社サービスをご利用いただき、誠にありがとうございます。

さくらのレンタルサーバ、さくらのマネージドサーバにおいては2014年4月23日から
5月1日にかけてPHPおよび、その他システムのセキュリティアップデートを実施いた
しました。

▼ さくらのレンタルサーバ・さくらのマネージドサーバ
サーバシステムメンテナンスのお知らせ
http://support.sakura.ad.jp/mainte/mainteentry.php?id=13078

本メンテナンスにより PHP5.3 以降では MySQL と接続するクライアントを下記の
ように変更しています。

MySQL Client Library (libmysqlclient) → MySQL Native Driver (mysqlnd)

MySQL Native Driver に変更した影響により、下記のケースにおいてクライアント側の
文字コードが影響を受け、文字コードが正しく変換されない事象が確認されました。

・mysqli_set_charset(mysql_set_charset)関数 や set names でクライアント側の
文字コードを正しく設定していない

▼ PHP - mysqli_set_charset / mysql_set_charset
http://www.php.net/manual/ja/mysqli.set-charset.php
http://www.php.net/manual/ja/function.mysql-set-charset.php


ご利用のPHPプログラムにおいて正しく文字コードを設定されておりますかご確認ください
ますようお願いいたします。