最低利用可能ポイント数は
LC_Page_Shopping_Payment.phpのlfCheckErrorでポイントを使用する時のエラーチェックをやっているので、そこらへんに割り込みで処理を追加すればいいと思います。
ポイントを小数点以下の数字にするのであれば、若干追加で細かい部分の調整は必要になりますが、システム設定＞パラメーター設定から
POINT_VALUEを0.5等に変更すれば一応できます。
表示部分などをちょっと調整と、1円未満は切り捨てになると思うので、そこらへんの処理を追加する必要はでてくると思います。

引用：
このカスタマイズは可能ですが、ちょっと変更箇所が多すぎる気がします。