バージョンアップは難しいですね。
私もv2.0.1ベースのままカスタマイズしたために、良くも悪くもバージョンアップは出来そうにありません。

カスタマイズした場合には、バージョンアップと言う考え方は止めた方が無難かと。
新しいバージョンを別ディレクトリで構築し、「サイトリニューアル」とかって名目で入れ替えるしかないかと思っています。

カスタマイズせずに利用されていても、下手にバージョンアップしてトラブル起こしたら大変に不味いので、運用中サイトをそのままバージョンアップなんてことはどのみち行えませんし。

可能であれば、バージョンアップ毎に「どんな理由で、どこのソースをどの様に変更したか？」を公開して貰えれば、必要事項だけ選んで「人力パッチ」出来るのですが。ｗ