FAQをみるかぎりではMySQLが4.0系なので、EC-CUBEは利用できないということになります。
ファイルがコピーできないのとは別件だと思いますが（汗）。

SAKURA Internet よくあるお問い合わせ（FAQ）
　・PostgreSQLに対応していますか？
　・データベースサーバの種類や、バージョンなど、詳しく教えてください。
　・CGIやPHPを設置すると 「500 Internal Server Error」 が表示されます。

オンラインマニュアルをみると、PHPのパーミッションも755または705にする必要があるみたいですね。
ってことはSAKURAのPHPはCGIってことかな。