大河内です。

PHP4 につきましては、最新以前のバージョンにおいて、多くの脆弱性があります。

多少古いですが、日本語での情報は下記をご覧ください。
http://www.php.gr.jp/

このため、最新版以外のバージョンのご使用は、EC-CUBE に限らず推奨されません。

FC3 でしたら、yum でのアップグレードはできなくとも、 rpm を使ってバイナリアップグレードが可能ではないでしょうか？

# FreeBSD 使いですので、 間違っていましたらすみません

おそらく、EC-CUBE の開発チームは php-4.3.11-2.4 での動作検証をするリソースがなく、ゲスト様のお問い合わせにお答えすることができないと思われます。

ご自分でご検証されるか、動作保証されるバージョンへアップグレードすることをお勧めします。