当方が使用しているツールは「UTF-8 TeraTerm Pro with TTSSH2」です。
文字化けするのはviにて開いた時ですか？
設定ファイルはマルチバイト文字を含んでないと思うので、特に問題ないと思うのですが…。

以下は私の個人的なメモをコピペしておきます。
必要と思われる部分を参考にして下さい。

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ドメイン固有のApache設定ディレクティブをWebサーバ設定ファイルにインクルードできます。
Pleskでは、各ドメインが別ファイル httpd.include にバーチャルホスト設定を格納しています。
Linuxシステムでは、このファイルはディレクトリ /var/www/vhosts/<domain-name>/conf/ にあります。
このファイルはバーチャルホスト設定が変更されると上書きされ、手動での変更は破棄されます。
Pleskによって挿入されたカスタムディレクトリを使用または再定義するには、
必要なディレクティブを使用して vhost.conf ファイルおよび/または vhost_ssl.conf ファイルを、
ドメイン向けには /path_to_vhosts/<domain-name>/conf/ ディレクトリ内、
サブドメイン向けには /path_to_vhosts/<domain-name>/subdomains/<subdomain-name>/conf/ ディレクトリ内に作成する必要があります。
ドメインの設定ファイルが生成される際にこれらのファイルが存在する場合、
Pleskは適切なIncrudeディレクティブをHTTPおよび/またはHTTPSバーチャルホストコンテキストにそれぞれ挿入します。
セキュリティ上の理由から、 vhost.conf および vhost_ssl.conf ファイルを作成できるのはrootのみです。

※上記はPLESKのヘルプの抜粋です。
※以下はメモです。

・vhost.confの保存（ドメイン＆サブドメイン）
ディレクトリディレクティブにて設定
<Directory /var/www/vhosts/<domain-name>/subdomains/www/httpdocs>
ここに設定を記載
</Directory>


・変更を有効にするコマンド実行
/usr/local/psa/admin/sbin/websrvmng --reconfigure-vhost --vhost-name=＜domain-name＞


・アパッチの再起動
service httpd restart



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php_admin_value open_basedir "/var/www/vhosts/<domain-name>/subdomains/www/httpdocs:/var/www/vhosts/<domain-name>/subdomains/www/data:/tmp"

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＜開発環境＞
EC-CUBE：2.4.1
DBサーバ：PostgreSQL 8.3.5
PHP：5.1.6