four様、ありがとうございます。

｢UTF-8 TeraTerm Pro with TTSSH2｣をインストール後文字化けは解消されました。
私の使用していたツールがEUCだったため起こった現象でした。クライアントにツールも合わせないとだめなんですね・・・ｗ

次に、SSHでログイン後｢/var/www/vhosts/<my_domain>/subdomains/<subdomain_name>/conf/vhost.conf｣へアクセスしましたが、おっしゃるとおりrootでしかアクセスできないようですね。
サーバー会社でやっていただくしかないでしょうか？

また、safe_modeをoffにするコマンドは下記で大丈夫でしょうか？

<Directory /var/www/vhosts/<my_domain>/subdomains/<subdomain_name>/httpdocs>
<IfModule sapi_apache2.c>
php_admin_flag safe_mode off
php_admin_value open_basedir none
</IfModule>
<IfModule mod_php5.c>
php_admin_flag safe_mode off
php_admin_value open_basedir none
</IfModule>
</Directory>