困難な気がします。

アップグレードを考慮している部分もあれば、していない部分もあります。

クリーンインストールしたところに、データ移行する方向性で検討した方が良い気がします。

株式会社ロックオンさんの、自動アップデートとモジュールを使えば良いのかも…
と思いましたが、消えてますね・・・
http://store.ec-cube.net/products/list.php?category_id=1

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Seasoft
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