カスタマイズに付いて、質問させていただきます。
皆様は、カスタマイズはどのような手順で行っていらっしゃいますか？

マニュアルサイトのファイル構成を確認して
html/css/common.css
フロントページ共通CSSファイルあたりから、修正しようと思った
のですが、バージョンの違いかファイル自体がありませんでした。

現在のWEB上にある資料は、2.0ではないのでしょうか。

手順としては、下記のような手順で宜しいのでしょうか。
1、ファイル構成を確認する。
2、文字サイズや、文字色などは、CSSファイルを修正する。
3、背景色や、デザイン的なものは、tplファイルを修正する。
4、システム的なものは、phpファイルを修正する。
5、修正は、ホームページビルダーなどではなくエディタで
修正する。

書籍が未発売な現在で、素晴らしいカスタマイズをされている方が
沢山いらっしゃることに驚いております。
html/index.php　から一つずつソースを追って行ったのでは
ありませんよね＠＠；

初歩的な質問で恐縮ですが、少しだけヒントを頂ければ幸いです。

宜しくお願い致します。

手順は人それぞれですよ。
自分がやりやすいようにすればいいのです。

要は、「どこをどのようにカスタマイズするか」です。
それが明確であれば、それに関連するファイルに手を加えていきます。

「ホームページビルダー」は所詮素人が使うような代物ですので、EC-CUBEのカスタマイズなどには不向きです。
手打ちができるのであればエディタでいいでしょう。
私はDreamWerver使用してます。しかし、DreamWerverだからといってある程度手打ちできなければ駄目です。
基本は手打ち、補助的にDreamWerverを利用するといった感じです。

色々と便利なエディタがあるので、テキトーに試してみればいいと思います。

デザインカスタマイズの話をされているのですよね？

表示されたページのソースを見てみれば、どのＣＳＳを読み込んでるかわかりますよね、で、変更したい部分の前後を見ればＩＤでやってるのかクラスでやってるのかがわかりますよね。
で、そのクラスなりＩＤなりを、読み込まれてるＣＳＳから全文検索すれば見えてくるとは思います。

そうやって自分で見つけると全体構成が見えてきますが、そこまでやらなくても、デフォルトテンプレの話くらいでしたら、このフォーラム内でもけっこう見つかりますよ

「デザインカスタマイズ」だけではなく「カスタマイズ全般」でしょ。

カスタマイズの順序なんて絶対的なものなんてないので、好きなとこから手をつければいいですよ。
もちろん、効率的な順序はありますが、それは経験して覚えていくものです。

頑張って

私の場合にはv2.x.x系から初めまして、「特定商取引法」項目部分のカスタマイズ（項目追加）が絶対的に必要だったので、そこだけ攻めてみました。
私のように初心者の場合には、最初から手を広げないで、「まずはココ」と決めてそれだけがんばった方が良いんじゃないかと。

特定商取引法の項目追加に成功すると、その経験からかなりのカスタマイズが可能になりますよ。
（データベースも含めて、どうやってるのか「なんとなく」判ってくる。）

最初はさっぱり判らなくても、他の質問を参考にしたり新たに質問して教えて頂いたりしながらです。
とにかく自力でカスタマイズにチャレンジすると、とても良い勉強になります。
最近は試しにいじってみたりするのも楽しくなってきました。ｗ

共にがんばりましょう。

私の場合、
見た目のデザイン的な部分は
Microsoft の Expression Web で、
プログラムソース的な部分は
手打ち100％でMIFES 使ってます。

利用する上で必要だと感じる部分、
機能の追加または元からある機能の変更、
データ構成もだいぶ弄ってしまったので、
最近では姿形こそEC-CUBE・・・
みたいになりつつありますが、
自鯖でテストして問題なさそうだったら
レン鯖に移動そんな感じです。

皆様、たくさんのアドバイスを頂き有難うございます。
かなり煮詰まっておりましたので、助言を頂いたおかげで
気持ちが楽になり、やる気が出てきました。

現在は、
Dreamweaverの30日お試し版
サクラエディタ
GIMP
Inkscpe
でカスタマイズを始めました。
ec-cube2.0、XAMPPを使用しサイトを作成しようと考えたのですが
資料が少なかったため、EC-cubeのバージョンを1.4.5に変更しました。
Dreamweaverで、EC-CUBEのディレクトリを丸ごと取り込んで
エディタでカスタマイズを始めました。

まだ、背景色を変えただけですが、それだけで俄然やる気が出てきました。またご質問させて頂くこともあるかも知れませんが、私も
少しでも助言できる立場になれるよう勉強します。
有難うございました。

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失礼いたしました。